Joseph Hubertus Pilates wurde 1880 in Mönchengladbach geboren. Als Kind litt er an Asthma und Rachitis.
Im Alter von zehn Jahren begann er mit gymnastischen Übungen und auch mit einer Art Krafttraining. Seine eher schwächliche Konstitution verwandelte sich im Laufe der Jahre und bereits mit vierzehn Jahren hatte er einen derart muskulösen, definierten Körper, dass er für  anatomische Zeichnungen Modell stand. Er begann vielerlei Sportarten der damaligen Zeit auszuüben (griechisch/römisches Ringen, Schwimmen und Tauchen sowie Boxen). 1912 wanderte er nach England aus, um eine Boxerlaufbahn zu starten. Bereits 1914 war er ein Star. Zu Beginn des Ersten Weltkriegs wurde er aufgrund seiner deutschen Staatsbürgerschaft interniert. Im Lager erfand er das System für seine einzigartigen Übungen, die er zunächst “Contrology” und später Pilates-Methode nannte. Während seiner Internierung wurde er in ein Lager auf der Insel The Isle of Man verlegt, wo er als eine Art Krankenpfleger arbeitete. Dort erfand er Geräte zur Rehabilitation.

Nach dem Krieg kehrte Joseph Pilates nach Deutschland zurück und unterrichtete die Hamburger Militärpolizei in Selbstverteidigung und körperlichem Training. Er erfand  weitere Maschinen. 1926 wanderte Joseph Pilates in die USA aus. Auf der Überfahrt lernte er seine zukünftige Frau Clara kennen. Gemeinsam eröffneten sie auf der 8th Avenue 939 ein Fitness Studio. Viele Tänzer und Schauspieler ließen sich von Joseph Pilates trainieren, so z.b. die Tänzerin und Choreografin Martha Graham. In Erinnerung an seine Zeit im englischen Internierungslager ließ er verschiedene Traininggeräte nach seinen Angaben bauen (Cadillac, Reformer, Tower, Ladder Barrel, Half Barrel, Wunda Chair sowie den Magic-Circle).

Im Jahr 1945 publizierte er sein erstes Buch „Return to Life Through Contrology“, indem er seine Methode beschrieb und erklärte darin auch die Vorteile des regelmäßigen Übens für die Gesundheit. Joseph Pilates war immer ein Gesundheits-Guru, er glaubte daran, dass Fitness das Leben bereichere. Selbst im tiefsten Winter lief er durch die Straßen von Manhattan nur mit einem Speedo bekleidet. Noch als 82-Jähriger konnte er einen durchtrainierten Körper zur Schau stellen und Kraftkunststücke vorzeigen. Er war aber auch bekannt dafür, kein Kostverächter zu sein: Er liebte Zigarren, gutes Essen, Whiskey und Frauen. 1967 starb Joseph Pilates. Er wurde siebenundachtzig Jahre alt. Clara, seine Frau führte noch zehn Jahre das Studio weiter, unterstützt von einer Reihe erstklassiger Schüler. Sie starb im Jahr 1977.